Со цел подобро управување на Инспекторатот, подобро разбирање на улогите на вработените во инспекторатот, полесно вршење на координација, контрола и комуникација во работењето, Државниот инспекторат за земјоделство во својата систематизација има предвидено шест сектори и тоа:
1.1. Одделение за инспекциски надзор од областа на рибарството со аквакултурата,
1.2.Одделение за физичка заштита на риболовни води,
1.3.Одделние за инспекциски надозр од областа на сточарството со пчеларството и
1.4.Одделение за инспекциски надзор од областа на земјишната политика со поледелски култури.
2.1 Одделение за инспекциски надзор од областа на семе, саден материјал, производите за заштита на растенија и квалитет и безбедност на ѓубриња, биостимулатори и подобрувачи на својствата на почвата,
2.2 Одделение за инспекциски надзор од областа на цвеќе и генетски модифицирани организми и
2.3 Одделение за инспекциски надзор од областа на вино со лозарство.
3.1 Одделение за инспекциски надзор од областа на земјоделството и руралниот развој,
3.2 Одделение за инспекциски надзор од областа на органското производство,
3.3 Одделение за инспекциски надзор од областа на тутунот и тутунските производи и
3.4 Одделение за инспекциски надзор од областа на квалитетот на земјоделски производи.
4.1 Одделение за инспекциски надзор од областа на фитосанитарна политика на граничен премин и
4.2 Одделение за инспекциски надзор од областа на фитосанитарна политика во внатрешноста на државата.
5.1 Одделение за проекти,
5.2 Одделение за административна поддршка на директорот и
5.3 Одделение за анализа на ризик.
6.1 Одделение за правни работи,
6.2 Одделение за планирање и обработка на податоци,
6.3 Одделение за информатички технологии и
6.4 Одделение за јавни набавки.
1.Одделение за управување со човечки ресурси,
2.Одделение за внатрешна ревизија,
3.Одделение за финансиски прашања
4.Одделение за внатрешна контрола и
5.Одделение за EXIM -едношалтерски систем за дозвола за увоз, извоз и транзит на стоки и тарифни квоти.