Në mënyrë që të menaxhohet më mirë Inspektorati, të kuptohen më mirë rolet e punonjësve në inspektorat, koordinimi, kontrolli dhe komunikimi më i lehtë në punë, Inspektorati Shtetëror i Bujqësisë në sistematizimin e tij ka gjashtë sektorë, si më poshtë vijon:
1.1. Njësia e Inspektimit mbikëqyrës të Peshkimit të Akuakulturës,
1.2.Departamenti për mbrojtjen fizike të ujërave të peshkimit,
1.3.Departamenti për mbikëqyrje inspektuese në fushën e blegtorisë me bletari dhe
1.4.Departamenti i inspektimit nga fusha e politikës së tokës me kulturat bujqësore.
2.1 Departamenti i mbikëqyrjes inspektuese në fushën e farërave, materialit mbjellës, produkteve për mbrojtjen e bimëve dhe cilësinë dhe sigurinë e plehrave kimikë, biostimulatorëve dhe përmirësuesve të vetive të tokës,
2.2 Departamenti për mbikëqyrje inspektuese në fushën e luleve dhe organizmave të modifikuar gjenetikisht dhe
2.3 Departamenti i kontrollit inspektues nga sfera e verës me vreshtari.
3.1 Departamenti për mbikëqyrje inspektuese në fushën e bujqësisë dhe zhvillimit rural,
3.2 Departamenti për mbikëqyrje inspektuese në fushën e prodhimit organik,
3.3 Departamenti për mbikëqyrje inspektuese në fushën e duhanit dhe produkteve të duhanit dhe
3.4 Departamenti për mbikëqyrje inspektuese në fushën e cilësisë së produkteve bujqësore.
4.1 Departamenti për mbikëqyrje inspektuese në fushën e politikës fitosanitare në vendkalim kufitar dhe
4.2 Departamenti për inspektim në fushën e politikës fitosanitare në territorin e shtetit.
5.1 Njësia për projekte,
5.2 Njësia e Mbështetjes Administrative të Drejtorit dhe
5.3 Departamenti i Analizës së Rrezikut.
6.1 Departamenti i punëve juridike,
6.2 Departamenti i Planifikimit dhe Përpunimit të të Dhënave,
6.3 Departamenti i Teknologjisë së Informacionit dhe
6.4 Departamenti i Prokurimit Publik.
1.Departamenti i Menaxhimit të Burimeve Njerëzore,
2.Departamenti i Revizionit të Brendshëm,
3.Departamenti i Çështjeve Financiare
4.Departamenti i kontrollit të brendshëm dhe
5.Departamenti për EXIM – sistemi me një ndalesë për import, eksport dhe transit të mallrave dhe kuota tarifore.