Со цел подобро управување на Инспекторатот, подобро разбирање на улогите на вработените во инспекторатот, полесно вршење на координација, контрола и комуникација во работењето, Државниот инспекторат за земјоделство во својата систематизација има предвидено шест сектори и тоа:

1.1. Одделение за инспекциски надзор од областа на рибарството со аквакултурата,

1.2.Одделение за физичка заштита на риболовни води,

1.3.Одделние за инспекциски надозр од областа на сточарството со пчеларството и 

1.4.Одделение за инспекциски надзор од областа на земјишната политика со поледелски култури.

2.1 Одделение за инспекциски надзор од областа на семе, саден материјал, производите за заштита на растенија и квалитет и безбедност на ѓубриња, биостимулатори и подобрувачи на својствата на почвата, 

2.2 Одделение за инспекциски надзор од областа на цвеќе и генетски модифицирани организми и 

2.3 Одделение за инспекциски надзор од областа на вино со лозарство.

3.1 Одделение за инспекциски надзор од областа на земјоделството и руралниот развој, 

3.2 Одделение за инспекциски надзор од областа на органското производство,

3.3 Одделение за инспекциски надзор од областа на тутунот и тутунските производи и

3.4 Одделение за инспекциски надзор од областа на квалитетот на земјоделски производи.

4.1 Одделение за инспекциски надзор од областа на фитосанитарна политика на граничен премин и

4.2 Одделение за инспекциски надзор од областа на фитосанитарна политика во внатрешноста на државата.

5.1 Одделение за проекти,

5.2 Одделение за административна поддршка на директорот и

5.3 Одделение за анализа на ризик.

6.1 Одделение за правни работи,

6.2 Одделение за планирање и обработка на податоци,

6.3 Одделение за информатички технологии и 

6.4 Одделение за јавни набавки.

1.Одделение за управување со човечки ресурси,

2.Одделение за внатрешна ревизија, 

3.Одделение за финансиски прашања 

4.Одделение за внатрешна контрола и

5.Одделение за EXIM -едношалтерски систем за дозвола за увоз, извоз и транзит на стоки и тарифни квоти.

Внатрешна организација на Државниот инспекторат за земјоделство